Cà chua rất bổ dưỡng và có nhiều công dụng, nhưng không phải cứ ăn là tốt cho cơ thể.
Không nên ăn nhiều hạt cà chua 
Hạt cà chua cũng như hạt ổi, trong đường ruột, không tiêu hoá được. Trong quá trình vận chuyển thức ăn của đường ruột, người ta sợ nó lọt vào ruột thừa dễ gây viêm ruột thừa. Không nên cho trẻ ăn những thực phẩm có nhiều hạt, đặc biệt là những hạt có kèm theo chất camen dễ gây táo bón, trẻ lại nhiều giun thì dễ biến chứng thành thắt ruột do giun, không lợi cho sức khoẻ. 
Không nên ăn cà chua và dưa chuột cùng một lúc

Lý do là bởi vì dưa chuột chứa một loại enzyme catabolic, sẽ phá hủy hàm lượng vitamin C có trong các loại rau khác. Trong khi đó, cà chua là một loại rau có chứa một số lượng lớn vitamin C. Nếu bạn ăn hai loại thực phẩm với nhau, vitamin C trong cà chua sẽ bị phân hủy và bị phá hủy bởi các enzyme catabolic trong dưa leo. 
Không ăn quá nhiều cà chua
Ăn quá nhiều cà chua có thể dẫn tới hiện tượng cơ thể không dung nạp loại thực phẩm này dù chỉ một lượng nhỏ. Nếu tình trạng không được chữa kịp thời, để lâu ngày, bệnh kéo dài sẽ dẫn tới các bệnh nghiêm trọng hơn về đường tiêu hóa như đau dạ dày và bí khí. Triệu chứng của hiện tượng này ở mỗi người là khác nhau. Nếu cơ thể không hấp thụ khoai tây, ớt hay hạt tiêu thì cũng không dung nạp cà chua.
Không ăn cà chua khi đói
Chất pectin và nhựa phenolic chứa nhiều trong cà chua. Khi bạn ăn cà chua vào những lúc đói, những chất này có thể phản ứng với a-xít, ảnh hưởng lớn đến dạ dày. Dạ dày tiêu thụ những chất này có thể gây nên tình trạng nôn mửa, đau bụng.
Chính vì vậy, bạn không nên ăn cà chua trong khi đói, nhất là đối với những trường hợp giảm béo với cà chua, cần phải cân nhắc kĩ lưỡng khi sử dụng. 
Không dùng cà chua nấu chín trong thời gian dài
Khi bạn sử dụng cà chua đã bị nấu chín kĩ hoặc để trong thời gian dài, dinh dưỡng và hương vị sẽ bị mất đi. Bên cạnh đó, nếu bạn ăn phải cà chua không còn chất dinh dưỡng có thể gây nên tình trạng ngộc độc thực phẩm, không tốt cho sức khỏe, thậm chí là nguy hiểm đến tính mạng. 
Không ăn cà chua xanh
Cà chua chưa chín có chứa số lượng lớn các yếu tố "alkaloid" nếu tiêu thụ sẽ dễ gây ngộ độc thực phẩm nhiều hơn. Các triệu chứng ngộ độc do ăn cà chua xanh thường là buồn nôn, nôn mửa, tiết nước bọt, yếu sức, mệt mỏi và các triệu chứng khác... thậm chí trường hợp nghiêm trọng có thể đe dọa tính mạng. 
Khi cà chua chín, các chất độc hại trong cà chua có tên là "alkaloid" sẽ giảm dần và sẽ biến mất trong cà chua chín đỏ. Vì vậy, với những quả cà chua màu xanh lá cây chưa chín, tuyệt đối không nên thưởng thức